Der Eee PC 900 wird zumindest im deutschsprachigen Raum nur mit Windows XP ausgeliefert. Dies hatte Asus bei der CeBIT 2008 am gemeinsamen Eee PC Stand mit Microsoft angekündigt. Trotz schwacher CPU läuft Windows XP auf dem Eee PC 900 sehr flott, wird schnell gestartet und Programme laufen ebenfalls flink. Asus hat zusätzliche Programme wie die Asus Update Tools, Asus Energy Tools, Skype und Intervideo DVD XPack schon vorinstalliert. Im Bereich Office liefert Asus Microsoft Works 9.0 (stark abgespecktes Microsoft Office) inkl. Lizenz mit, zusätzlich gibt es von Sun die StarSuite 8 (StarOffice mit asiatischer Erweiterung), die auf dem gleichen Code wie OpenOffice basiert. Warum Asus zwei Office Pakete mitliefert, ist etwas unklar, vielleicht hat das etwas mit dem Microsoft Deal zu tun.

Netbooks sind zum Spielen nicht geeignet, zumindest ist dies die allgemeine Auffassung. Allerdings eignen sich Netbooks genau deshalb dafür, weil sie so mobil sind und überall mitgenommen werden könnenn. Zwar darf man keine hohen Erwartungen setzen, doch ältere Spiele die die Grafik und CPU nicht überfordern, laufen am Eee PC 900 wunderbar. Das sind besonders 2D Spiele im Jump'n'Run Stil, Stategie- und Rollenspiele aber auch 3D-Games mit älterer Grafikengine. Zu beachten ist auch, dass Spiele sehr viel Speicherplatz beanspruchen und somit die 12 GB Kapazität des Eee PC 900 leicht sprengen können.

Eine Linux Version gibt es beim Eee PC 900 vorerst nicht, auch wenn Asus dies in den Spezifikationen anbietet. Linux auf dem Eee PC 900 zu installieren macht derzeit auch wenig Sinn. Es gibt nämlich günstigere Versionen vom Eee PC mit modernerer Technik, die bereits mit Linux ausgestattet sind wie das Modell Eee PC 900A.