Der Eee PC 900A verwendet wie der Eee PC 701 ein Xandros Linux, welches sehr stark den Bedürfnissen des Eee PC angepasst wurde. Bei diesem "fast unsichtbaren" Linux soll der User eigentlich gar nicht mitbekommen, dass Linux im Hintergrund läuft, was Asus auch gut gelungen ist. Die Oberfläche ist derart intuitiv, dass wirklich jeder damit klar kommt. Asus hat die Oberfläche in 6 wichtige Reiter Unterteilt: Internet, Arbeiten, Lernen, Spielen, Einstellungen und Favoriten. Darin befinden sich eine große Vielzahl an Internet-, Office-, Lern- und Spielprogrammen.

Im Bereich Internet sind unter Web-Mail Links zu den großen Mailanbieter G-Mail, Hotmail, Yahoo und AOL vorhanden. Unter Web findet man den Mozilla Firefox Webbrowser, Links zur persönlichen Google-Webseite iGoogle, Google Suche, den Multi-Messenger Pidgin, der mit den Netzwerken ICQ, MSN, AOL, AIM, Google Talk, Yahoo usw. kommunizieren kann und die VoIP Software Skype, mit der man auch Videophonieren kann. Danach gibt es noch weitere Links zu Google Online Text & Tabellen, Google Maps, die Enzyklopädie Wikipedia, Web-Radiosender, die Asus Webseite sowie Eee Downloads, wo man neue Programme, Software und Tools für den Eee PC herunterladen kann. Der Eee Web Speicher ist ein 20 GB großes Speicherkontingent auf den Webservern von Asus, wo man eigene Dateien und Dokumente abspeichern und sichern kann. Allerdings ist für den Zugriff eine Internetverbindung nötig.

Unter Arbeiten gibt es z.B. Zubehör wie Rechner, den Personal Information Manager Kontact (E-Mail, Adressbuch, Notizen, Kalender, Aufgabenplaner, Journal), den Adobe Reader, Mozilla Thunderbird Mail Client, ein Deutsch-Englisch Wörterbuch, Notizen, die komplette Sun StarOffice Suite (Textverarbeitung, Tabellenkalkulation, Präsentationssoftware, Zeichnungsprogramm sowie Formeleditor) und eine MindMap Anwendung.

Unter Lernen gibt es eine Menge wirklich nützlicher Programme für Kinder und Schüler, denn der Eee PC soll nicht nur ein Laptop sein mit dem die Kinder ihre Zeit vertreiben, sondern mit dem sie auch was sinnvolles lernen können. Im Reiter Wissenschaft ist ein Periodensystem vorhanden und die Software Star Map (Stellarium), auf der man das Sternbild simulieren und wiedergeben kann; auf Wunsch sogar auch mit genauen Koordinaten, Zeitangaben, Zeitraffer und Bezeichnungen zu Sternenbilder, Galaxien und jeweiligen Entfernungen von der Erde. Dieses Sternenbild ist derart schön, dass man gerne den Eee PC an einen Videoprojektor ansteckt und sich so sein eigenes "Decken-Stellarium" daraus macht. Danach gibt es Sprachprogramme für Deutsch, Englisch und Chinesisch, Mathematikprogramme für Brüche, Geometrie und Funktionen, Malprogramme und eine Sammlung Spiele für Kleinkinder.

Generell muss man sagen, dass das System etwas träge reagiert. Dies äußert sich z.B. in einem 49 Sekunden langen Systemstart, der Acer Aspire One braucht für Linux unter 10 Sekunden. Dazu fällt auf, dass beim Eee PC 900A immer wieder das System für 1 bis 3 Sekunden einfriert und sich der Mauszeiger nicht mehr bewegen lässt, als würde im Hintergrund irgendein Prozess für völlige Last sorgen bzw. der SSD Flash-Speicher mit dem Laden nicht nachkommt. Die Ausgabe am externen Monitor ist nicht auch nicht zufriedenstellend, da hier nur eine Auflösung bis 1024x768 Pixeln angeboten wird.

Die Easy-Mode Oberfläche ist für Anwender wirklich einfach und intuitiv zu bedienen, allerdings wäre es für den Power User sicher besser, mehr in das System eingreifen zu können und leichter in den Advanced-Mode zu wechseln. Dafür gibt es verschiedene Anleitungen im Netz: Entweder man verwendet dafür den  AsusLauncher Advanced Editor oder aktiviert den vollständigen  KDE-Desktop.

Die Installation von neuer Software ist ebenfalls sehr eingeschränkt. Erstens funktionieren die Downloads von der Eee PC Webseite nicht, auch wenn sich der Installationsmanger öffnet und entsprechende Debian Pakete herunterlädt. Und es besteht auch nicht die Möglichkeit, Software, die man nicht braucht zu deinstallieren, um damit Speicherplatz zu gewinnen. Eine Person, die das System z.B. rein beruflich braucht und deshalb nur auf Office und Internet angewiesen ist, wird die Spiele oder Lernprogramme für Kinder nicht benötigen.

Asus legt dem Paket interessanterweise eine Windows Utility Disk bei, auf der alle Treiber für Windows XP vorhanden sind. Natürlich fördert Asus damit (ob gewollt oder ungewollt), dass Kunden auf dem günstigsten Atom Netbook auch Windows XP einfach einrichten können.

Die Installation von Windows XP dauert an sich recht lange (fast 2 Stunden), ebenfalls kostet die Installation der Treiber und Utility Tools viel Zeit, unerwartet viel Zeit. Es fällt auch immer wieder auf, dass der Eee PC 900A für Sekunden hängen bleibt, wie unter Linux. Das dürfte an dem langsamen SSD Flash-Speicher liegen, denn bei starken Festplattenzugriffen (z.B. beim Kopieren von Dateien, Installieren von Software) bleibt der Eee PC 900A oft hängen. Ansonsten lief das System ausreichend gut, wobei die Systemstarts sogar länger dauern als beim Eee PC 900 mit Celeron CPU.